Tavastehus slotts militära betydelse minskade under medeltiden eftersom det inte längre låg inom det svenska rikets gränser. Däremot ökade dess administrativa betydelse, särskilt när Gustav Vasa fokuserade på att stärka rikets ekonomi och styre.

På 1500-talet moderniserades slottet. Blyinfattade glasfönster installerades och slottet värmdes upp med nya kakelugnar. Taken i riddarsalen och kungssalen förnyades med eleganta träbjälkar.

Trots dessa förbättringar började slottet att förfalla. År 1599 förstördes de övre delarna av södra tornet och tupptornet av en krutladdning. Senare, 1659, härjade en eldsvåda i slottet och brände alla träkonstruktioner. Trots att reparationer utfördes närmade sig slottets tid som ett viktigt administrativt centrum sitt slut. I början av 1700-talet hade slottet förlorat mycket av sin forna glans.