Rakennus suunniteltiin alun perin venäläiseksi poikakouluksi. Koulu avattiin vuonna 1913, jolloin Suomi oli vielä itänaapurinsa hallitsema. Rakennus toimi kouluna vain neljä vuotta Suomen itsenäistymiseen asti.

Sisällissodan aikaan rakennus palveli Helsingin Jääkärirykmenttiä ja armeijan esikuntaa, ennen kuin se muuttui Suomen ensimmäiseksi kadettikouluksi.

Vuonna 1923 Helsingin yliopisto osti rakennuksen ja sijoitti sinne eläintieteelliset kokoelmansa - koulu oli muuttunut museoksi ja tutkimuslaitokseksi.

Rakennus remontoitiin kattavasti 2000-luvun alussa. Peruskorjauksen aikana monet alkuperäiset rakenteet paljastettiin uudelleen ja konservoitiin huolellisesti. Esimerkiksi suureen saliin (jossa dinosaurukset nyt ovat) 1960-luvulla rakennettu betonikatto poistettiin ja salille palautettiin sen alkuperäinen ilme.