Kumpula herrgård var på 1800-talet en av de största och mest välskötta herrgårdarna i Helsingforsregionen. Godset, som omfattar mer än fyra kvadratkilometer, grundades i slutet av 1400-talet på platsen för byn Gumtäckt. Under århundradenas lopp hade Kumpula gård många olika ägare. Den stannade inte inom en enda familj från en generation till nästa, utan övergick ofta från adliga ägare till rika borgare, ibland som betalning för skulder och ibland som säkerhet.

Herrgården förblev i privat ägo fram till slutet av 1800-talet. Den sista privata ägaren var friherre Herman Standertskjöld-Nordenstam. Under hans tid krympte godset i takt med att mark såldes för bostadsbyggande.

Helsingfors stad köpte marken 1893, varefter området fungerade som mejeri fram till 1905. Därefter inrymde herrgården ett sjukhus för veneriska sjukdomar, som var i drift fram till 1960. Senare öppnades en grundskola på herrgården, men den stängdes 1977 som en del av grundskolereformen.

Sedan dess har herrgården förvaltats av Helsingfors universitet. Den botaniska trädgården började byggas på 1980-talet och öppnades för allmänheten 2009.