库姆普拉庄园在 19 世纪曾是赫尔辛基地区规模最大、管理最完善的庄园之一。庄园占地面积超过四平方公里，始建于十五世纪末的古姆泰克特（Gumtäckt）村。几个世纪以来，库姆普拉庄园的主人不计其数。庄园并不是由一个家族世代相传，而是经常从贵族手中转到富有的平民手中，有时作为债务的偿还，有时作为抵押品。

直到 19 世纪末，庄园一直归私人所有。最后一位私人庄园主是赫尔曼-斯坦德斯克约尔德-诺登斯塔姆男爵（Baron Herman Standertskjöld-Nordenstam）。在他任职期间，由于土地被出售用于住宅建设，庄园逐渐缩小。

赫尔辛基市政府于 1893 年购买了这片土地，此后直到 1905 年，这里一直是奶制品生产地。此后，庄园成为性病医院的所在地，一直运营到 1960 年。庄园内后来开办了一所小学，但在 1977 年的学校综合改革中被关闭。

此后，庄园一直由赫尔辛基大学管理。植物园于 20 世纪 80 年代开始建设，并于 2009 年向公众开放。