Ehrensvärds museum ligger på fästningens ursprungliga torg, i Kommendanthuset. Byggnadens första värd var Sveaborgs grundare Augustin Ehrensvärd. Den vackra rokokoinredningen visar, med Sveaborgs särdrag, hur adeln levde på 1700-talet. Porträtt, stilmöbler och modeller av skärgårdsflottans fartyg visas upp.

Kommendantshuset är ett bra exempel på hur bostäder och försvarsbyggnader på Sveaborg ofta samsades under samma tak. Byggnaden var bostad och tjänstebostad för fästningens kommendant fram till 1855, då hela den södra halvan försvann i Krimkrigets bombningar.

År 1927 tog Ehrensvärdssällskapet initiativ till att inrätta ett museum i de rum i Kommendanthuset som hade varit Augustin Ehrensvärds bostad. Museet öppnades 1930 och dess utställning förnyades 2015.