Suomenlinnan kirkko on linnoituksen maamerkki. Se on yksi Helsingin suosituimmista vihkikirkoista, jonka majakkakirkon torni leimaa eteläisen Helsingin maisemaa. Kirkon rakentamista suunniteltiin heti linnoituksen perustamisvuodesta 1748 alkaen, mutta hankkeet jäivät toteutumatta. Siksi linnoituksen sotilasseurakunnat kokoontuivat pitkään tiloissa, joita ei ollut suunniteltu kirkollisiin tarkoituksiin. Kun linnoitus vuonna 1808 siirtyi venäläisille, sinne syntyi ortodoksinen yhteisö ja ortodoksinen kirkko sijoitettiin kruunulinna Ehrensvärdiin.

Nykyisen kirkon rakentaminen alkoi vuonna 1849, jolloin sen tieltä määrättiin purettavaksi pois lukuisia puutaloja. Kirkko valmistui vuonna 1854, ja sen suunnitteli Konstantin Ton. Kirkon keskustornia kehysti neljä pienempää tornia, joissa kaikissa oli liekkikupolit. Kirkon ympärille pystytettiin aita tykinputkista ja ristikkäin ripustetuistaketjuista.

Vuonna 1919 Suomen itsenäistymisen jälkeen ortodoksinen kirkko päätettiin muuttaa luterilaiseksi. Kirkon ikoniseinä, irtaimisto ja taide-esineet poistettiin ja ulkoinen hahmo yksinkertaistettiin. Kirkon torniin sijoitettiin lava - ja lentoliikennettä ohjaava majakkalyhty. Majakkalyhdyn viesti on neljä peräkkäistä väläystä: morseaakkosten H-kirjain Helsingin merkiksi. Kirkon muutostyössä alkuperäisen kirkon pääkupoli poistettiin ja neljä tornia purettiin. Kirkko näyttää nykyään hyvin erilaiselta kuin alun perin. Kirkko on edelleen Helsingin tuomiokirkkoseurakunnan käytössä.