Sveaborgskyrkan är ett av fästningens landmärken. Sveaborgskyrkan och dess torn är en fungerande fyr och en av de mest populära bröllopskyrkorna i Helsingfors, och är en viktig del av södra Helsingfors silhuett. Planeringen av kyrkan inleddes 1748 när fästningen grundades, men de första planerna förverkligades aldrig. Till en början höll militärförsamlingarna sina gudstjänster i rum som ursprungligen inte var avsedda för religiöst bruk. När fästningen 1808 övergick till Ryssland blev den hemvist för en ortodox församling och en ortodox kyrka inrättades i Ehrensvärdskronan.

Den nuvarande kyrkan började byggas 1849 och flera trähus revs för att ge plats åt den. Kyrkan ritades av Konstantin Thon och stod färdig 1854. Kyrkans centrala torn omges av fyra mindre torn med lökkupoler. Runt kyrkan byggdes ett staket av kanonrör och korslagda kedjor.

År 1919, efter att Finland hade blivit självständigt, omvandlades den ortodoxa kyrkan till en luthersk kyrka. Ikonostasen, flyttbara effekter och konstverk togs bort och exteriören renoverades för att få ett enklare utseende. En fyrsignal placerades i kyrktornet för att tjäna som navigationshjälp för fartyg och flygtrafik. Fyren avger fyra blinkningar i följd, vilket i morsekod är bokstaven H för Helsingfors. I samband med ombyggnaden av kyrkan demonterades den ursprungliga kyrkans huvudkupol och fyra torn. Den nuvarande kyrkan ser mycket annorlunda ut än den ursprungliga. Kyrkan används fortfarande av Helsingfors domkyrkoförsamling.